Działalność naukowa Józef Halperin odkrył siedliska 615 owadów wcześniej nieznanych w Izraelu oraz opisał 44 gatunki zupełnie nowych owadów. Jego imieniem nazwano co najmniej 15 różnych gatunków owadów. Pierwszym z nich był chrząszcz Clada Halperini. Opublikował łącznie ponad 200 publikacji w języku hebrajskim i angielskim, w tym: 25 szczegółowych wykazów systematycznych grup owadów, napisał 12 monografii na temat owadów-szkodników, a także 7 monografii nt. poszczególnych gatunków drzew i ich szkodników. Do jego osiągnięć należy zaliczyć innowacyjne metody wykrywania porażonych drzew oraz metody zwalczania szkodników. Jest autorem dwóch wpisów do tomu C Encyklopedii Rolnictwa (1975) i 15 wpisów do tomu 3 Encyklopedii Zwierząt i Roślin Izraela (1989).
W 1978 zorganizował i poprowadził pierwsze międzynarodowe sympozjum na temat Korowódka sosnówka w Izraelu. W latach 1980–1979 został zaproszony jako wykładowca na Wydział Leśnictwa w Getyndze na temat subtropikalnych szkodników lasów.