Od 1997 do 2019 roku w muzeum prezentowana była wystawa główna, która opowiadała historię Żydów w XX i XXI wieku z perspektywy jego mieszkańców. Poprzez kolekcję, która obejmowała artefakty, fotografie i filmy dokumentalne, wystawa główna umieściła Holokaust w szerszym kontekście współczesnej historii Żydów. Mieściła się ona w sześciobocznym budynku muzeum, symbolizującym sześć punktów gwiazdy Dawida i sześć milionów Żydów zamordowanych w Holokauście.
Wystawy i instalacje W zbiorach muzeum znajduje się ponad 30 000 obiektów związanych z historią Żydów i Holokaustem. Obiekty te wykorzystywane są w ramach różnorodnych wystaw i instalacji.
Oświęcim. Nie tak dawno. Nie tak daleko Ta wystawa specjalna została otwarta w maju 2019 roku i trwała do 30 sierpnia 2020 roku. Wystawę przygotowano przy współpracy z Państwowym Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu. Zgromadzono na niej eksponaty zebrane z ponad 20 instytucji i muzeów na całym świecie – przedmioty należące do ofiar, dokumenty, niepublikowane materiały audiowizualne, elementy konstrukcyjne z obozu.