W 1554 r. został wytypowany jako uczestnik wyprawy jezuity Melchiora Nuñesa Barreto do Japonii, ostatecznie jednak został oddelegowany do pracy w jezuickiej szkole w Malacce (Malezja). Zajmował się tam m.in. kopiowaniem listów, które były rozsyłane przez Malacce.
W 1557 r. powrócił do Goa, gdzie w latach 1558–1562 studiował filozofię i sztuki wyzwoloneDiccionario histórico de la Compañía de Jesús: biográfico-temático, t. 2, ed. C.E. O'Neill, J.M. Domínguez, Roma – Madrid 2001.. Z tamtego okresu zachował się jego list, w którym opisywał masowy chrzest 200 mieszkańców wioski Batim, datowany na 13 listopada 1560 r. W 1561 r. przyjął na miejscu święcenia kapłańskie.
Początki pracy w Japonii Luís Fróis ostatecznie został skierowany do pracy w Japonii, gdzie przybył wraz z innym jezuitą, Giovannim Batistom, pracującym w ośrodku na górze Yokuseura, 6 lipca 1563 r. W związku z brakiem księży w kraju, od razu poświęcił się pracy misyjnej, korzystając w tym czasie z pomocy tłumacza z wysp Hiardo. Po niecałych dwóch latach udał się do Kioto (w tamtym okresie nazywanym Miyako) by wspomagać pracę jezuity Gaspara Vielly. Do ówczesnej stolicy Japonii Fróis przybył 31 stycznia 1565 roku. Dość szybko jednak, 31 lipca 1565 roku, obaj jezuici zostali wygnani z miasta.