Po wybuchu II wojny światowej chciał wstąpić do polskiego wojska, ale władze na uchodźstwie poprosiły go o zorganizowanie i prowadzenie nauczania polskiego na terenie Francji. Kontynuował więc nauczanie i dołączył do ruchu oporu. W latach 1943–1944 kierował Liceum polskim im. Cypriana Norwida w Villard-de-Lans. Gestapo aresztowało Godlewskiego w Grenoble 2 marca 1944 r. Trafił najpierw do obozu internowania w Royallieu k. Compiègne, zaś 8 kwietnia 1944 r.https://collections.arolsen-archives.org/en/search/person/1462248?s=jan%20godlewski&t=222854&p=1 wraz z grupą uwięzionych, został wysłany do niemieckiego obozu koncentracyjnego KL Mauthausen. Otrzymał numer obozowy KL 62466. W obozie był więziony do 20 maja 1945 r.
Po powrocie do Lille organizował życie uczelniane, m.in. pomagając byłym żołnierzom generała Maczka w podjęciu studiów. Był zatrudniony jako wykładowca w trzech uczelniach działających po wojnie w Lille. W tym okresie przetłumaczył na francuski Zegar słoneczny Jana Parandowskiego. Wraz ze współpracownikami przetłumaczył poezje Jana Kasprowicza. Na emeryturę przeszedł w 1972 roku.
Zmarł 31 sierpnia 1996 r. w Amélie-les-Bains.