Podczas niemieckiej inwazji na Czechosłowację dowodził obroną koszar Czajanka w Mistku – jedynym przypadkiem zorganizowanego oporu armii czechosłowackiej podczas wkraczania Wehrmachtu do Czechosłowacji. 26 sierpnia 1939 roku zwolniony ze służby wojskowej, zapisał się na kurs rzemieślnicy i rozpoczął współpracę z ostrawską organizacją ruchu oporu „Za vlast”. Organizował m.in. przerzut czechosłowackich żołnierzy do Polski. Następnie przeniósł się do Pragi i dołączył do Obrony Narodu, współpracował także z organizacją Jindra kierowaną przez nauczyciela . Zajmował się m.in. organizacją wsparcia dla spadochroniarzy zrzuconych na terytorium Czechosłowacji.
Po zamachu na Reinharda Heydricha został aresztowany podczas konspiracyjnego spotkania z profesorem Vanką, który po aresztowaniu podjął współpracę z Gestapo. Podczas próby ucieczki zastrzelił z pistoletu biegnącego za nim psa służbowego, został jednak obezwładniony przez niemieckich policjantów. Następnie został osadzony w pałacu Petschków, gdzie był brutalnie przesłuchiwany. Próbował także popełnić samobójstwo używając do tego zaostrzonej łyżki. Następnie został przeniesiony do Małej Twierdzy w Terezinie.