Po wybuchu II wojny światowej uczestniczył wraz z ojcem w obronie Modlina. Tam jego ojciec dostał się do niewoli, zaś Raul Nałęcz-Małachowski zbiegł. Dwukrotnie przeżył bombardowania w trakcie powrotu do Łodzi. Po dotarciu do rodzinnego miasta zajął opuszczoną siedzibę PCK i mianował siebie dyrektorem placówki. Zaczął używać znalezionych pieczątek i zawiadamiał oficjalnymi listami do Czerwonego Krzyża w Genewie o aresztowanych, zabitych i represjonowanych. Ponadto wystawiał legitymacje PCK swoim znajomym, którzy równie zaangażowali się w działania, niosąc pomoc chorym, rannym i ukrywającym się. Działalność utrzymał do końca 1940. Następnie zajął się pracą w fabryce Leonarda w Łodzi przy ul. Łąkowej, propagując jednocześnie polską sztukę i kulturę, organizując koncerty i wystawy obrazów polskich twórców.
Za działalność został aresztowany wraz ze swoją matką przez Gestapo i więziony w więzieniach w Łodzi: na Sterlinga i na Radogoszczu. Następnie przeniesiono go do obozu KL Mathausen-Gusen, gdzie zmuszono go do pracy w kamieniołomie. 5 maja 1945 doczekał wyzwolenia obozu przez Amerykanów, następnie został wcielony do II Korpusu Wojska Polskiego we Włoszech.