Stanowisko przyszłego dowódcy armii miało na razie pozostać zakonspirowane, a na zewnątrz miał dalej figurować jako szef Departamentu Artylerii i funkcję tę – obok nowej – nadal sprawować. 20 lipca 1939 Prezydent RP mianował go generałem do prac przy Generalnym Inspektorze Sił Zbrojnych. Obowiązki szefa departamentu zdał swemu następcy płk. Brunonowi Romiszewskiemu dopiero 16 sierpnia.

II wojna światowa Podczas inwazji niemieckiej dowodzona przez niego Armia „Modlin” stoczyła trzydniową bitwę pod Mławą (1–3 września 1939), stawiając czoła niemieckiej 3 Armii gen. Georga von Küchlera. Następnie w ciągłych walkach Armia „Modlin” wraz z podporządkowaną jej Grupą Operacyjną „Wyszków” dokonała odwrotu i broniła się na linii Narwi i Bugu. 10 września na rozkaz Naczelnego Wodza oddała część swych sił (8 i 20 DP oraz Warszawską Brygadę Obrony Narodowej) Armii „Warszawa” i rozpoczęła odwrót znad Bugu na Kałuszyn. Z reszty oddziałów Armii „Modlin” i Grupy Operacyjnej „Wyszków” została utworzona tzw. Armia gen. Przedrzymirskiego.