Systematyka Psylotowce Psilotales przez długi czas postrzegane były jako najbardziej prymitywne spośród roślin naczyniowych. Uznawano je za blisko spokrewnione z kopalnymi ryniofitami i psylofitami. Dopiero badania molekularne dowiodły, że są one siostrzane dla nasięźrzałowców. Pozycja systematyczna tej grupy nie jest wciąż jednoznaczna. W niektórych wynikach analiz molekularnych wskazywana jest jako siostrzana dla wszystkich pozostałych monilofitów (w tym skrzypów i strzelichowych), według innych bardziej bazalną pozycję zajmują skrzypy.
Pierwszy system klasyfikacyjny obejmujący taksony najwyższych rang w obrębie paproci (monilofitów) uwzględniający wyniki analiz filogenetycznych zaproponowali Smith i in. (2006). Zaliczyli oni do jednej klasy Psilotopsida rzędy Psilotales i Ophioglossales. Mark W. Chase i James L. Reveal w 2009 podnieśli te rzędy do rangi podklasy Psilotidae i Ophioglossidae w obrębie szeroko ujmowanej klasy Equisetopsida. W 2011 Maarten Christenhusz i in. ponownie połączyli rzędy Ophioglossales i Psilotales, ale w podklasie Ophioglossidae. To ujęcie powtórzone zostało w 2014 przez Christenhusza i Chase’a, w systemie Ruggiero i in. z 2015 oraz w systemie klasyfikacyjnym PPG I z 2016.