Dokładna data narodzin Fawkesa nie jest znana, ale ochrzczono go 16 kwietnia w kościele St. Michael le Belfrey. Zwyczajowo między narodzinami a chrztem są trzy dni odstępu, więc najprawdopodobniej urodził się 13 kwietnia. W roku 1568 Edith urodziła córkę o imieniu Anna, która zmarła po siedmiu tygodniach, w listopadzie tego samego roku. Edith urodziła po Guyu jeszcze dwoje dzieci: Anne (1572) i Elizabeth (1575). Obie zostały mężatkami, kolejno w 1599 i 1594 roku.
mały|lewo|Kościół St Michael le Belfrey, gdzie ochrzczono Fawkesa W 1579 roku, gdy Guy miał osiem lat, zmarł jego ojciec. Kilka lat później matka ponownie wyszła za mąż za katolika Dionisa Baynbrigge’a (alternatywna pisownia to Denis Bainbridge) ze Scotton w Borough Harrogate. Fawkes mógł zostać katolikiem pod papistycznymi wpływami rodziny Baynbrigge oraz katolickich odłamów rodzin Pulleynów i Percych ze Scotton albo w trakcie nauki pobieranej w St. Peter’s School w Yorku. Dyrektor szkoły spędził około 20 lat w więzieniu za odrzucenie anglikanizmu, a wicedyrektor, John Pulleyn, pochodził ze znamienitej katolickiej rodziny w Yorkshire – Pulleynów z Blubberhouses. Pisarka Catharine Pullein w pracy z 1915 roku zatytułowanej „Pulleynowie z Yorkshire” (ang.