pantografy i sprężarki, a także dochodziło do przepaleń przewodów, przez co skład rzadziej pojawiał się na trasie. Usterki były wówczas naprawiane przez producenta w ramach gwarancji.
Jesienią 2006 skład został wyłączony z ruchu na kilka miesięcy po zderzeniu z ciężarówką. W lutym i kwietniu 2007 zespół został bezterminowo dopuszczony do eksploatacji. 20 listopada skład przekazano na własność spółce PKP Warszawska Kolej Dojazdowa w zamian za objęcie przez województwo mazowieckie udziałów w spółce PKP WKD o wartości równej wartości pociągu wynoszącej niespełna 9,4 mln zł. 4 grudnia z okazji 80. rocznicy uruchomienia linii WKD w składzie EN95-01 jadącym z Grodziska do Warszawy zorganizowano konferencję prasową poświęconą historii i przyszłości przedsiębiorstwa.