W międzyczasie dzięki staraniom ojca Lucasa de la Cueva zawarto rozejm, jednak był on krótkotrwały. W roku 1666 Indianie Cocomas, dowodzeni przez kacyka imieniem Pocåya, wyruszyli do Santa María de Huallaga z wrogimi zamiarami. Po drodze napotkali ojca Francisco de Figueroa, którego zamordowali, nie oszczędzono także towarzyszących mu Indian. Cocomas dotarli do Santa Maria de Huallaga i splądrowali oraz zniszczyli redukcję; podobny los spotkał La Concepción de Jeveros. Bunt udało stłumić się w roku 1669, gdy Hiszpanie zebrali grupę zbrojnych, która pokonała Indian i odebrała od nich czaszkę de Figueroa.
Mimo stłumienia buntów kolejne lata nie były łatwiejsze dla jezuitów. Ojciec Juan Lorenzo Lucero podejmował inicjatywy zakładania nowych wiosek misyjnych, założył również redukcję Santa María de Nueva de Ucayali. Drugim działającym duchownym tamtego okresu był Pedro Suárez Guerre. Jego zadaniem było pilnowanie właściwej dyscypliny, zarówno cywilnej jak i duchowej, wśród Indian Avijiras. Duży nacisk kładł na przełamanie nawyku poligamii. Jednak spotkało się to z wrogością Indian, którzy zabili go, a redukcję, w której pracował zniszczyli. Kolejną ofiarą swej nadgorliwości był ojciec Augustín Hurtado, który został zamordowany przez Mulatów, których upominał za niemoralny tryb życia oraz demoralizację Indian.