W październiku 1623 arcybiskup Połocka udał się do Witebska, by po raz kolejny podjąć próbę odzyskania kontroli nad sytuacją religijną w mieście. 12 listopada 1623 został w mieście zamordowany przez tłum prawosławnych mieszczan. Ciało hierarchy wrzucono do Dźwiny. Po sześciu dniach zostało wyłowione z rzeki i przewiezione do katedry unickiej w Połocku.
W 1642 papież Urban VIII beatyfikował Kuncewicza, finalizując rozpoczęty już po roku od zabójstwa biskupa proces. 225 lat później Pius IX ogłosił go świętym w całym Kościele katolickim, pierwszym w historii wywodzącym się z Kościoła unickiego. Jozafat Kuncewicz jest patronem RusiŚw. Jozafat Kuncewicz, Katolicka Agencja Informacyjna..
Według badań bułgarskiego slawisty Dymitra Kenanowa Jozafat Kuncewicz świadomie działał w taki sposób, by zginąć z rąk „nieprawowiernych”, w przekonaniu, że w ten sposób dostąpi świętości.
Według innych źródeł biskup nie dostrzegał, w jakim stopniu jego działalność, wynikająca ze szczerego oddania sprawie unii, oburza ludność prawosławną, zaś ostrzeżenia przed zbytnim zaostrzaniem konfliktów wyznaniowych bagatelizował.