Kampania wrześniowa znacząco wpłynęła na losy Kościoła prawosławnego i duszpasterstwa wojskowego na ziemiach II Rzeczypospolitej. Metropolita Dionizy wydał jako jeden z pierwszych zwierzchników kościelnych orędzie do wiernych – prawosławnych, wzywając do obrony kraju przed agresją.
II wojna światowa to kolejny okres w historii Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego. W tych latach kapelani prawosławni byli razem z żołnierzami niosąc im kapłańską posługę i wspierając w żołnierskiej doli. Nie są dobrze znane losy kapelanów prawosławnych internowanych przez Armię Czerwoną na ziemiach wschodnich RP. Wiadomo, że w ręce Rosjan wpadły tutaj m.in. ewakuowane na wschód kierownictwa duszpasterstw wyznań niekatolickich. Większość kapelanów przywieziono do obozu w Starobielsku. Przebywało w nim co najmniej 25 duszpasterzy WP wszystkich wyznań. Przebywał tam ksiądz pułkownik Szymon Fedorońko, który został rozstrzelany w 1940 w Katyniu przez bolszewików. W odtworzonych na Zachodzie po klęsce wrześniowej Polskich Siłach Zbrojnych służyli w latach 1939–1941 żołnierze wyznania prawosławnego.