Działalność jako sekretarz Towarzystwa Jezusowego Ignacy Loyola ustanowił Juana sekretarzem w roku 1547. Juan Alfonso de Polanco jako sekretarz sporządzał obiegowe listy dla jezuitów, które dotyczyły działalności Towarzystwa Jezusowego. Z siedmiu tysięcy zachowanych listów Ignacego, prawie wszystkie są datowane na okres urzędowania Polanco jako sekretarza. Wiele z tych listów było napisane przez Juana na polecenie Ignacego Loyoli. Przetłumaczył też Konstytucję Towarzystwa Jezusowego z hiszpańskiego na łacinę, a także pomagał Ignacemu Loyoli w jej napisaniu. Wcześniej napisał „Industrias”, które było wstępnym projektem do konstytucji. Ignacy Loyola również polecił Juanowi sporządzenie podręcznika dla jezuickich spowiedników. Nazwa podręcznika to „Breve directorium ad confessarii ac confitentis munus recte obeundum”. Była to pierwsza jezuicka książka dotycząca sakramentu spowiedzi. Podręcznik został najpierw wydrukowany w Rzymie, a następnie w Leuven na początku roku 1554. Wikariusz papieski zachęcał de Polanco do oddania manuskryptu do druku, a także chciał, aby dzieło służyło ogółowi duchowieństwa, a nie tylko jezuitom. Ignacy Loyola chciał, aby wszyscy jezuiccy spowiednicy posiadali własną kopię podręcznika de Polanco.