Kolejnym generałem został Belg Everard Mercurian. Juan Alfonso de Polanco i inni jezuici pochodzenia żydowskiego zostali pozbawieni stanowisk przez belgijskiego generała. Po usunięciu de Polanco z jego stanowiska nowym sekretarzem został Antonio Possevino. Nowy sekretarz Antonio Possevino również pochodził z rodziny konwertytów, jednakże potrafił skrzętnie ukryć ten fakt. Afera wokół potencjalnej elekcji Polanco była pierwszym krokiem ku ograniczaniu pozycji potomków nawróconych żydów. Proces ten przypieczętował piąty generał Claudio Acquaviva, który w 1593 zakazał konwertytom wchodzenia w szeregi Towarzystwa Jezusowego. Dzięki usunięciu ze stanowiska sekretarza Towarzystwa Jezusowego, Polanco mógł poświęcić się działalności pisarskiej. Pod koniec swojego życia podyktował „Chronicon Societas Jesu”, czyli Kronikę Towarzystwa Jezusowego życia. Juan Alfonso de Polanco napisał kronikę na prośbę czwartego generała Towarzystwa Jezusowego, Everarda Mercuriana. Kronika ta opowiada dzieje Towarzystwa Jezusowego, począwszy od roku 1537 aż do śmierci Ignacego Loyoli w roku 1556.