Od 1988 OD 1988 r. opiekę duszpasterską w Dokszycach sprawował proboszcz parafii w Wołkołacie o. Piotr Jasiewicz OFMCap. W 1990 roku zarejestrowano na nowo parafię w Dokszycach. W 1991 roku zbudowano kaplicę, w której posługiwali kapucyni. W tym samym roku rozpoczęto budowę nowego kościoła na obrzeżu miasta na terenie cmentarza katolickiego zniszczonego przez sowietów w 1940 roku. 14 października 1991 roku arcybiskup archidiecezji mińsko-mohylewskiej Kazimierz Świątek poświęcił kamień węgielny, a 4 października 1995 roku świątynię poświęcił nuncjusz apostolski na Białorusi arcybiskup Agostino Marchetto. 24 grudnia 1991 roku arcybiskup Kazimierz Świątek powierzył stałą opiekę nad parafią ojcom kapucynom, a kościół wraz z przylegającym do niego klasztorem i zabudowaniami gospodarczymi na mocy prawa Braci Mniejszych Kapucynów przeszedł na własność Prowincji Warszawskiej. W latach 1997–2012 Dokszyce były siedzibą Ministra Wiceprowincji Białorusi, a do 2013 roku miejscem początkowej formacji kandydatów do zakonu - postulatu.
W pobliżu świątyni znajduje się budynek klasztoru wspólnoty Sióstr Adoratorek Krwi Chrystusa wybudowany w latach 2001-2003.
Parafia posiadała filie w Urożajnych i Gnieździłowie, gdzie wydzielono oddzielne parafie.