Kariera duchowna Święcenia diakonatu przyjął w 1954, zaś prezbiteratu rok później, rozpoczynając posługę w kościele St Mary Abbots w dzielnicy Kensington w Londynie. W 1956 roku powrócił do Cambridge, gdzie objął posadę wiceprzewodniczącego Wescott House Theological College. Następnie w latach 1962-1967 był rektorem St John's Church w Jedburghu, zaś od 1967 do 1973 roku był dyrektorem (principal) The Queen's College w Birmingham.
W 1973 został wyświęcony na biskupa Durham, którą to funkcję pełnił przez dziesięć lat. Wraz z otrzymaniem sakry biskupiej John Habgood został lordem duchownym w Izbie Lordów, której był aktywnym członkiem podobnie jak zaangażował się w działalność Brytyjskiego oraz Światowego Kongresu Kościołów. W 1983 został nominowany na stanowisko arcybiskupa Yorku, którym pozostał do 1995 roku. Równocześnie z zakończeniem tej posługi otrzymał tytuł lorda Habgood, który umożliwiał mu pozostanie członkiem Izby Lordów jako par dożywotni. Z tytułu tego zrezygnował w 2011 roku. Resztę życia spędził w Malton w hrabstwie Yorkshire, gdzie został pochowany po tym jak zmarł 6 marca 2019 roku w wieku 91 lat.