Wzdłuż brzegów dawnej misy jeziornej wznoszą się na wysokość 70–100 metrów strome skarpy z białego caliche, wyznaczające obwód dawnego jeziora. Jedynym zbiornikiem wodnym, który pozostał z jeziora Makgadikgadi, jest delta Okawango. Tereny kompleksu były zamieszkiwane przez ludzi od wczesnej epoki kamienia. W jednej z prehistorycznych osad odkryto ślady ponad 500 kamiennych konstrukcji i 450 kamiennych kopców.
Kompleks Makgadikgadi znajduje się na półpustynnej równinie Kalahari, rozciągającej się przez większą część środkowej Afryki Południowej. Opady, które są bardzo zmienne, przypadają głównie w miesiącach letnich, między październikiem a marcem. W miesiącach zimowych (od maja do sierpnia) deszcze są niewielkie lub nie ma ich wcale. Średnie roczne opady w Makgadikgadi wynoszą od 450 do 500 mm. Solnisko Ntwetwe zasilane jest okazjonalnie przez rzekę Boteti, która sporadycznie wypływa z delty Okawango, wpadając do niego od zachodu. Solnisko Sua zasilane jest przez rzekę Nata, której ujście znajduje się w jego północno-wschodniej, rzadko całkowicie wysychającej części, a także przez rzeki Tutume, Semowane i Mosetse. W porze deszczowej solnisko Sua jest zalewane (zwykle do około 30 cm głębokości).