Solniska Sua i Ntwetwe rozdziela zbiorowisko trawiaste, na którym znajduje się granitowa wychodnia o wysokości 20 metrów, znana jako wyspa Kubu, porośnięta gigantycznymi baobabami. Dalej na północ, wokół solniska Nxai, roślinność staje się typowa dla Kalahari i przechodzi w ekoregion Kalaharyjskie lasy akacjowe. Samo solnisko Nxai, a także solnisko Kgama-Kgama są słonymi łąkami porośniętymi akacjami. Solnisko Kudiakam, na południe od Nxai, jest pozbawione roślinności makrofitowej, a na jego brzegach rosną baobaby. Grupa baobabów z brzegu Kudiakam jest atrakcją turystyczną o nazwie Baobaby Bainesa (ang. Baines Baobabs), odnosząc się do Thomasa Bainesa, artysty, który w XIX wieku towarzyszył Davidowi Livingstonowi w badaniu Afryki i który w 1862 roku namalował jeden z nich na akwareli. Roślinność na południe od kompleksu Makgadikgadi przechodzi w ekoregion Zambezyjskie lasy mopane, zdominowane przez Colophospermum mopane ze zmiennymi proporcjami Acacia nigrescens, Terminalia prunioides i Combretum imberbe.