Formacje trawiaste otaczające solniska Makgadikgadi zasiedla żerujący na termitach mrównik afrykański oraz 71 gatunków gadów, takich jak żółwie, warany skalne, węże i jaszczurki, a także 18 gatunków płazów. Na brzegach solnisk występuje endemit tego miejsca, agama Agama makarikarica. Występują tu również gryzonie, w tym świstaki, zęboszczur kolonijny, akacjoszczur czarnoogonowy, postrzałka kafryjska i myszoskocznik malutki. Na akacjowej sawannie drzewiastej spotkać można galagowate, zająca zaroślowego i jeżozwierze.
Przez większą część roku na solniskach żyją jedynie strusie i gatunki takie jak sieweczka przylądkowa i sieweczka piaskowa. Niewielka populacja ptaków wodnych, takich jak perkozy, kormorany i kaczki, przebywa u ujścia rzeki Nata, gdzie dostępna jest stale słodka woda. Na formacjach trawiastych otaczających solniska występują strusie, sekretarze, dropy olbrzymie, dropiki (w tym dropik jasnoskrzydły), stepówki i frankoliny, a także nocobieg dwuobrożny. Na widlicach obecnych na zachód od kompleksu gnieżdżą się m.in. pustułka stepowa i palmojad, a na porastających obrzeża solnisk baobabach płomykówka zwyczajna, kraska liliowopierśna i kraska kreskowana. Na samotnych, ciernistych drzewach gniazda zakładają sekretarze, sęp afrykański i sęp uszaty.