W początkach swojej aktywności MSR występował pod nazwą Stacja Ratownictwa WOPR „Śniardwy Północ” i działał pod egidą WOPR, ale od 1991 roku uzyskał odrębną akredytację MSWiA do wykonywania ratownictwa na wodach jako Stacja Ratownictwa Wodnego na Wielkich Jeziorach Mazurskich. W roku 1999 zmieniono nazwę na Mazurska Służba Ratownicza Stacja Ratownictwa Wodnego, a w 2003 ostatecznie ustalono nazwę na Mazurska Służba Ratownicza.

Z biegiem czasu MSR stała się wyspecjalizowaną służbą ratowniczą, zajmującą się również akcjami technicznymi, polegającymi na ratowaniu utopionego mienia. MSR podejmowała się wydobycia jachtów i innych jednostek pływających a nawet śmigłowców. Jedną z akcji ratowniczych było podjęcie kilkunastu wędkarzy z kry płynącej po jeziorze Śniardwy. MSR uczestniczy też w ratowniczych akcjach powodziowych na terenie całego kraju (m.in. w 1997 roku na Opolszczyźnie).