Schemat rozrodu czuboustka karłowatego różni się w Ameryce Środkowej i Ameryce Południowej. W Kostaryce samica zachodzi w ciąży tylko raz, a jej szczyt przypada na późną porę suchą w marcu, po czym następuje laktacja we wczesnej porze mokrej w czerwcu. Samce rozmnażają się przez kilka miesięcy przed szczytem ciąży w okresie kwiecień-maj i pod koniec pory deszczowej w okresie wrzesień-październik. W Ameryce Południowej bardziej powszechne są dwa moty, z jednym szczytem ciąży w porze suchej a drugim szczytem w porze deszczowej. U pojedynczej, ciężarnej samicy schwytanej w 2002 roku w stanie Bahia w Brazylii długość płodu wynosiła 34 mm.
Na czuboustku karłowatym stwierdzono występowanie muchówek z rodziny Streblidae, gzowatych (Oestridae), świerzbowców, roztoczy z rodziny Labidocarpidae.
Status zagrożenia i ochrona W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Jej Zasobów został zaliczony do kategorii LC ( „najmniejszej troski”).