Początkowo odmówiono Emilie uznania wykształcenia medycznego, co było spowodowane uprzedzeniem do niej ze względu na płeć. W 1876 jako pierwsza Niemka zyskała tytuł lekarza dla kobiet i dzieci. Wybrała ginekologię, by pomóc kobietom, które obawiały się badania przez lekarzy, a często pierwszy raz badały się dopiero po ślubie. Emilie miała status lekarza rezydenta, ale bez niemieckiej licencji na wykonywanie zawodu lekarza.
Prawdopodobnie w 1876 zamieszkała w Berlinie. Otworzyła prywatną praktykę. Dodatkowo od 1877 wraz z koleżanką po fachu, poznaną na studiach Franziską Tiburtius, prowadziła poliklinikę lekarską dla kobiet i dzieci przy Alte Schönhauser Straße 23 w Berlin-Mitte. Lokal udostępnił im bezpłatnie właściciel browaru Julius Bötzow. W latach 1878–1885 wraz z Franziską Tiburtius pracowały dla stowarzyszenia lekarskiego dla nauczycieli i wychowawców, następnie w latach 1889–1900 w stowarzyszeniu pomocy handlowo-handlowej dla pracownic. Wspierała je finansowo Henriette Hirschfeld-Tiburtius, szwagierka Franziski. W 1881 Lehmus założyła Dom Pomocy dla Kobiet, przekształcony i rozbudowany później w nowoczesną klinikę chirurgiczną. Miejsce oferowało lekarkom szkolenia i rozwój zawodowy.mały|Pomnik na cmentarzu w Fürth upamiętniający Emilie Lehmus