Pełnił funkcję prodziekana Wydziału Rolniczego (1999-2002), zastępcy dyrektora Instytutu Agronomii (2010-2012), a w latach 2010–2020 kierownika Katedry Ochrony Roślin, a następnie Zakładu Ochrony i Hodowli Roślin.
Działalność naukowa Działalność naukowa profesora Cezarego Tkaczuka obejmuje zagadnienia dotyczące biologicznych metod ochrony roślin przed szkodnikami, zwłaszcza z wykorzystaniem grzybów entomopatogenicznych oraz akaropatogenicznych. Tematyka tych badań obejmuje zarówno taksonomię i biologię tych patogenów, jak również wpływ czynników środowiskowych i agrotechnicznych na ich występowanie w środowisku glebowym. Jest autorem publikacji naukowych z tego zakresu w czasopismach znajdujących się w bazach Web of Science i Scopus. Odbył długo i krótkoterminowe staże naukowe w: Rothamsted Research, Wielka Brytania (1998), University of Copenhagen, Dania (2001), , Hiszpania, (2005), Uniwersytecie Łotewskim, Ryga, Łotwa (2015) i , USA (2017). Prowadził wykłady jako profesor wizytujący na University of Natural Resources and Life Sciences (BOKU) w Wiedniu (2012).