Sojusznicy ci częściowo skierowali go na ścieżkę odkupienia, pomagając mu przezwyciężyć pragnienie zemsty i wspierając go w wyprawie. Ostatecznie Ezio stanął naprzeciw przywódcy spisku, Rodriga Borgii, który dążył do zjednoczenia Włoch pod sztandarem templariuszy i zdobycia potężnego artefaktu, znanego jako Jabłko Edenu, mającego doprowadzić templariuszy do legendarnej „Krypty”. Ezio odzyskał Jabłko od Rodriga, któremu udało się uciec, i został oficjalnie przyjęty do Bractwa Asasynów.
W 1499 roku włoscy asasyni odkryli, że skarbiec poszukiwany przez Rodriga znajduje się w Rzymie. Skłoniło to Ezio do infiltracji Watykanu, aby zabić Wielkiego Mistrza Templariuszy, który jako papież Aleksandrem VI i dzierżył Laskę Edenu. Ezio walczy z Rodrigiem przy użyciu Jabłka i, mimo początkowego obezwładnienia, pokonuje go po wyzwaniu na pojedynek walkę na pięści. Oświadczając koniec swojej osobistej zemsty, oszczędza mu życie i otwiera Kryptę, łącząc Jabłko z Laską. Wewnątrz wita go hologram Minerwy, członkini wymarłej Pierwszej Cywilizacji, która stworzyła ludzkość i Fragmenty Edenu.