odzyskują i odnawiają miasto, a także niszczą ich sojuszników i zasoby. Ezio przywraca zakon Asasynów i z czasem zastępuje Machiavellego jako Mentor, przywódca Bractwa. Do 1503 roku Ezio zamordował bankiera Zakonu Templariuszy, Juana Borgię, oraz ich francuskiego sojusznika, barona de Valois, a także obezwładnił Lukrecję Borgię, pogrążając bazę templariuszy w chaosie. Cesare w przypływie wściekłości zabija ojca i zaczyna tracić kontrolę nad miastem. Po odzyskaniu Jabłka Ezio używa jego mocy, by zniszczyć resztki armii Cesare. Pod koniec roku kontrola Borgiów nad miastem zostaje całkowicie złamana, a Cesare aresztowany przez nowego papieża, Juliusza II. Gdy Cesare ucieka, Ezio używa Jabłka, aby go wyśledzić, po czym ukrywa artefakt w tajnym skarbcu pod Koloseum. W 1507 roku Ezio udaje się do Hiszpanii i dopada Cesare podczas oblężenia zamku Viana. Ostatecznie pokonuje go i strąca z murów zamku na śmierć.