Od 1950 r. komisja działała bezpośrednio przy Urzędzie Rady Ministrów, w latach 1978–1985 przy Ministrze Administracji i Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska, w latach 1986–1996 ponownie przy Urzędzie Rady Ministrów, od 1997 przy Ministrze Spraw Wewnętrznych i Administracji, a od 2011 – przy Ministrze Administracji i Cyfryzacji.
Skład komisji Zgodnie z Ustawą z dnia 29 sierpnia 2003 r. o urzędowych nazwach miejscowości i obiektów fizjograficznychTekst ustawy (). określającą m.in. zasady działania Komisji Nazw Miejscowości i Obiektów Fizjograficznych w skład Komisji wchodzą: przewodniczący, którym jest przedstawiciel nauki z dziedziny językoznawstwa, powoływany na czteroletnią kadencję przez ministra właściwego do spraw administracji publicznej spośród osób wskazanych przez Prezesa Polskiej Akademii Nauk zastępca przewodniczącego, powoływany na czteroletnią kadencję przez ministra właściwego do spraw administracji publicznej na wniosek przewodniczącego Komisji spośród członków Komisji sekretarz, którym jest przedstawiciel ministra właściwego do spraw administracji publicznej sześciu członków powoływanych na czteroletnią kadencję przez ministra właściwego do spraw administracji publicznej spośród przedstawicieli nauki zgłoszonych przez rady wydziałów szkół wyższych oraz rady naukowe komitetów i instytutów Polskiej Akademii Nauk – z dziedzin: językoznawstwa, historii, geografii i kartografii