Ukraiński oddział został formalnie utworzony jesienią 1989 r. w siedzibie Związku Pisarzy Ukrainy i pod jego patronatem. Wiosną 1990 r. został przyjęty do Międzynarodowego PEN. Pierwszym prezesem był Mykoła Winhranowski (1989–1993), następnie Jewhen Swerstiuk (1993–2010). Aktywne działania podjęto dwadzieścia lat później, wraz z wyborem w 2010 r. nowego kierownictwa pod przewodnictwem Myrosława Marynowicza. Od tego czasu realizowane projekty mają charakter systemowy, zarówno na Ukrainie jak i na poziomie stosunków międzynarodowych. Obecnie ukraiński PEN liczy ponad 130 członków, w skład których wchodzą nie tylko pisarze, ale także działacze na rzecz praw człowieka, tłumacze, dziennikarze, humaniści, wydawcy i menedżerowie kultury.
Ukraiński PEN jest organizacją partnerską Nagrody Literackiej Unii Europejskiej na Ukrainie. W 2019 r. Ukraina została zaproszona do udziału w postępowaniu o przyznanie Europejskiej Nagrody Literackiej.