W 2013 r. w Petersburgu została założona Agencja Badań Internetowych (), potocznie zwana „fabryką trolli”, której właścicielem został Prigożyn. Rok później powstała Grupa Wagnera (). Okoliczności jej utworzenia przez pewien czas były niejasne, podobnie jak mechanizm finansowania i dokładne powiązania Prigożyna z organizacją. W 2022 r. oficjalnie przyznał, że jest jej założycielem, a Grupa Wagnera powstała po aneksji Krymu.

Z ustaleń Fundacji Walki z Korupcją wynika, że od 2015 r. Ministerstwo Obrony FR zlecało firmom Prigożyna usługi z zakresu budownictwa i bieżące remonty obiektów wojskowych. W 2016 roku firma żony Prigożyna kupiła za 740 mln rubli historyczny budynek w Petersburgu „Dom handlowy braci Jelisejewów”, wpisany do wykazu zabytków (poza Rosją znany jako Elisseyeff Emporium). W maju 2017 r. rosyjska Federalna Służba Antymonopolowa wdała się w spór z Prigożynem i stała na stanowisku, że należące do niego przedsiębiorstwa za pomocą zmowy cenowej naruszyły przepisy antymonopolowe, w wyniku czego nawiązały kontrakty z Ministerstwem Obrony FR na ponad 1,8 mln rubli, a samego Prigożyna podejrzewała o stworzenie kartelu. W listopadzie tego samego roku wycofała oskarżenia.