Bazydiospory cylindryczne do wrzecionowatych, szkliste, niedekstrynoidoalne, 7–11 × 2,5–4 μm, L = 9,14 μm.
Występowanie i siedlisko Znane jest występowanie czarnostopki korzonkowej w Ameryce Północnej i Europie. Wszędzie jest gatunkiem rzadkim. W Polsce podano 3 jego stanowiska. W Czerwona lista roślin i grzybów Polski ma kategorię zagrożenia E – gatunek wymierający, którego przeżycie jest mało prawdopodobne, jeśli nadal będą działać czynniki zagrożenia. W latach 1995–2004 był objęty ochroną częściową, a od roku 2014 – ochroną ścisłą bez możliwości zastosowania wyłączeń spod ochrony uzasadnionych względami gospodarki rolnej, leśnej lub rybackiej. Gatunek znajduje się na czerwonych listach w Austrii, Bułgarii, Czechach, Francji, Niemczech, Polsce, Rosji, Słowacji i Szwajcarii. Jest zagrożony utratą i zmianą siedlisk. Liczbę osobników dojrzałych szacuje się na 2500-5000, a subpopulacje są bardzo małe.
Stwierdzono występowanie na następujących roślinach: Andropogon, Bothriochloa, Bromus riparius, Chrysopogon, cynodon, Elytrigia, kostrzewa, Lasiagrostis, ostnica, palusznik, perz, strzępnica, trzcinnik i wiechlina.