Po wygaśnięciu dynastii Farnese i krótkim okresie panowania austriackiego Parma staje się dziedzictwem Burbonów. Ci kontynuują politykę poprzedników, rozwijając i upiększając miasto. Ferdynand I Parmeński w 1768 wydał ważny dokument – Konstytucję dla nowych studiów królewskich (Costituzioni per i nuovi regi studi) – reformując całe szkolnictwo od szkół elementarnych po uniwersytet. Założył Bibliotekę Palatyńską, Muzeum Starożytności, Obserwatorium Meteorologiczne, Akademię Sztuk Pięknych i Ogród Botaniczny. Uczelnia zostaje wyposażona w gabinety fizyki, pracownie anatomii oraz Szkołę Weterynaryjną.
Okres napoleoński przynosi ze sobą głębokie reformy. Zgodnie z duchem rewolucji szkolnictwo włoskie przechodzi proces laicyzacji i upodabnia się do systemu francuskiego.
W 1815 decyzją Kongresu wiedeńskiego władzę w Parmie obejmuje Maria Ludwika Austriaczka. Pod jej rządami uniwersytet powraca do swojego tradycyjnego kształtu. Z woli księżnej powstają instytuty chemii farmaceutycznej i położnictwa oraz zostaje rozbudowana Szkoła Weterynaryjna. Na skutek ruchów rewolucyjnych w 1831 księżna zawiesza działanie uniwersytetu, przenosi do Piacenzy wydział prawa i dzieli wydział filozofii.