Struktura Mambalginy należą do kladu białek trójpalczastych (three-finger protein, 3FP) i rodziny białek toksyn trójpalczastych (three-finger toxin, 3FTx). Ich charakterystyczną cechą są 3 pętle (palce) o konformacji harmonijki beta, odchodzące od centralnego rdzenia stabilizowanego mostkami disiarczkowymi. Struktura ta różni się od większości białek 3FTx wydłużoną drugą i skróconymi pierwszą i trzecią pętlą. Mambalginy wykazują stosunkowo niskie podobieństwo sekwencji (poniżej 50%) do innych białek 3FTx i są najbardziej zbliżone do podklasy 3FTx, znanej jako toksyny niekonwencjonalne lub słabe.
Znane mambalginy są zbudowane są z 57 reszt aminokwasowych. Pierwotnie opisano dwie izoformy, nazwane mambalgina-1 i mambalgina-2, różniące się jedną resztą aminokwasową na czwartej pozycji. Następnie w jadzie mamby pospolitej (Dendroaspis angusticeps) został zidentyfikowany kolejny peptyd, różniący się resztą aminokwasową na pozycji 23, nazwany mambalginą-3. mały|240x240px|Porównanie sekwencji mambalgin