Początkowo sądzono, że mambalgina-1 łączy się z kieszenią kwasową w położonej na zewnątrz komórki części kanału jonowego, a jej działanie jest oparte na blokadzie kanału poprzez mechanizm uwięzienia. Późniejsze badania wykazały, że mambalgina-1 blokuje zawias pomiędzy helisami α4/α5 w domenie kciuka (thumb) ASIC1a, co uniemożliwia otwarcie kanału. Do tej interakcji są wymagane palce I i II. Prawdopodobnie lizyna na 8 pozycji w pierwszej pętli-palcu oddziałuje tyrozyną na pozycji 358 w domenie kciuka. Mambalgina-1 działa również na ASIC2a.
Mambalgina-2 wiąże się wiąże się głównie z regionem ASIC1a obejmującym górną część kciuka (reszty Asp-349 i Phe-350), dłoni oraz β-kulki (reszty Arg-190, Asp-258 i Gln-259). Region ten pokrywa się z kieszenią kwasową kanału. Peptyd wywiera zarówno stymulujący, jak i hamujący wpływ na ASIC1a. Prawdopodobnie mambalgina-2 zatrzymuje kanał w zamkniętej konformacji.