Po ogłoszeniu niepodległości przez Azerbejdżan w 1991, wybuchł konflikt z Armenią o Górski Karabach. Ówczesny prezydent Əbülfəz Elçibəy mianował Əliyeva w 1992 zastępcą przewodniczącego Rady Najwyższej Azerbejdżanu, aby w ten sposób opanować chaos i wzmocnić rządy. Sytuacja jednak pogarszała się i rok później Elçibəy musiał uciekać ze stolicy, a Əliyev zastąpił go na stanowisku, obejmując równocześnie przywództwo w Radzie Najwyższej. Əliyeva w Baku witały tłumy, na ulicach wisiały transparenty z jego portretami i podpisem „Dam Wam to, czego chcecie”.
Heydər Əliyev dwukrotnie wygrywał wybory prezydenckie (w październiku 1993 i 1998). Za jego rządów rozpoczęto budowę rurociągu naftowego z Baku przez Tbilisi do Ceyhan w Turcji. Próbował zbrojnie przezwyciężyć kryzys karabaski (grudzień 1993), ale pociągnął on za sobą dalsze tysiące ofiar i wypędzenie ponad 700 000 Azerów.
W 1995 Əliyev uniknął zamachu na swoje życie – sprawców nigdy nie ujęto. Od 1999 zaczął się pogarszać stan jego zdrowia, leczył się w USA, przechodził kolejne operacje serca, lecz inne organy stopniowo odmawiały posłuszeństwa.
Został odznaczony Orderem św.