Wybrana na początku gry cecha nie może zostać zmieniona w sposób inny niż za pomocą perka Mutacja.
W przeciwieństwie do cech, perki nabywa się w czasie rozgrywki, a wraz z rozwojem postać ma ich coraz więcej. Możliwość wyboru perka pojawia się co 3 poziomy wraz z awansem postaci (w przypadku, gdy gracz wybrał cechę Kujon co 4 poziomy), a każdy z nich zapewnia dodatkowe korzyści (odmiennie niż Cechy, perki nie przewidują negatywnych efektów).
Bohaterowie niezależni Podobnie jak w pierwszym Falloucie, w grze pojawiają się liczni bohaterowie niezależni, którzy mogą towarzyszyć Wybrańcowi w czasie jego misji. W przeciwieństwie do części poprzedniej można dokonywać u nich większych zmian w zakresie AI walki i ekwipunku. Postacie te zdobywają kolejne poziomy doświadczenia wraz z bohaterem gracza i dysponując różnorodnymi umiejętnościami, mogą stanowić dla niego uzupełnienie.
Liczba postaci, jakie można przyłączyć do drużyny jest zależna od wartości Charyzmy Wybrańca. Większość bohaterów niezależnych, decydując się na towarzyszenie postaci gracza bierze pod uwagę Karmę, a także pewne inne zachowania (np.