W środkowo-zachodniej części Kotliny, stanowiącej otoczenie miasta Bydgoszczy wyróżniono następujące mikroregiony: Dolina Kanału Bydgoskiego (315.351) Terasa Bydgoska (315.352), Miasto Bydgoszcz (315.353), Wydmy Puszczy Bydgoskiej (315.354), Terasa Łochowska (315.355), Dolina Łęgnowska (315.356), Wydmy Ostromeckie (315.357), Równina Rynarzewska (357.358).
Miasta Największym ośrodkiem miejskim mezoregionu jest Bydgoszcz. W środkowo-wschodniej części Kotliny znajduje się kolejne duże miasto Toruń. Do ważniejszych miejscowości na terenie Kotliny można zaliczyć także: Nieszawę, Ciechocinek, Solec Kujawski i Nakło nad Notecią.
Ochrona przyrody Fragmenty Kotliny Toruńskiej w okolicy zakola Wisły pod Bydgoszczą objęte są ochroną w Nadwiślańskim Parku Krajobrazowym. Ponadto na obszarze Kotliny wyróżniono następujące obszary chronionego krajobrazu: Obszar Chronionego Krajobrazu Północnego Pasa Rekreacyjnego Miasta Bydgoszczy, Obszar Chronionego Krajobrazu Strefy Krawędziowej Kotliny Toruńskiej, Obszar Chronionego Krajobrazu Łąk Nadnoteckich, Obszar Chronionego Krajobrazu Wydm Kotliny Toruńsko-Bydgoskiej, Obszar Chronionego Krajobrazu Wydmowy na południe od Torunia, Obszar Chronionego Krajobrazu Niziny Ciechocińskiej.