W XVI w. rozpoczął się powolny upadek gospodarczy miasta. Wydatnie przyczyniły się do tego najazdy obcych wojsk, jak i liczne pożary i powodzie. Po najeździe tatarskim w 1624 pozostało tylko 44 mieszczan, a po najeździe wojsk węgierskich Jerzego II Rakoczego w 1657 i powodzi w 1665 pozostało jedynie kilkanaście luźnych chałup zamieszkałych przez 20 gospodarzy. Dla podniesienia miasta z upadku uwolniono mieszkańców od podatku. W kolejnych latach miasto niszczyły pożary (1710, 1745, 1801, 1855). W 1758 San tak wezbrał, że zniszczył całe miasteczko zostawiając tylko murowany kościół i cerkiew. Katastrofalne powodzie nawiedzały zresztą dolinę Sanu regularnie także w latach 1828, 1893, 1924, 1927, 1933.
W 1758 tenutariuszem starostwa był Ignacy z Chyrowa RomerAkta sprawy granicznej między wsią Ulucz w ekonomii samborskiej a wsią królewską Hruszówka (Hroszówka) [pow. sanocki] w posesji Ignacego Romera [1755–1767] AGAD sygn. 649.Hruszówka (Hroszówka)- jeszcze w XIX wieku przysiółek wsi Ulucza na prawym brzegu Sanu.. W 1773 Mrzygłód stał się częścią dóbr kameralnych rządu austriackiego. W 1866 klucz mrzygłodzki nabyła od zaborców spółka Kirchmayer, syn i Simondt. Pod koniec XIX w. odkupił go Josche. W okresie zaborów ponownie rozwinęło się rzemiosło, odbudowano wiele mieszczańskich domów, powstały nowe.