Po śmierci męża, w latach 1056–1068 Agnieszka na czas młodości swojego syna, Henryka IV sprawowała urząd regentki Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Jej głównym doradcą był Henryk, biskup augsburski, powszechnie nienawidzony za arogancję i podejrzewany o związek z cesarzową. Jej niezdecydowana polityka względem niemieckich książąt spowodowała osłabienie Rzeszy. Krótko po Świętach Wielkanocnych 1062 roku została pozbawiona władzy przez arcybiskupa Kolonii Annona II i arcybiskupa Hamburga-Bremy Adalberta (którzy porwali jej syna). Bez syna, Agnieszka straciła pozycję polityczną i została zmuszona do ustąpienia. W 1065 roku udała się do Rzymu. W późnych latach jej życia udało jej się doprowadzić do zgody między swoim synem i jego przeciwnikami.
Ocena postaci Historycy długo uważali, że Agnieszka z Poitou była słabą władczynią. Marie Luise Buhlst-Thiele traktuje poświęcenie się cesarzowej religii jako słabość. Wilhelm von Giesebrecht przypisuje Agnieszce charakter niezdecydowany i bojaźliwy. W swej Historii Niemieckiego Cesarstwa przedstawia ją jedynie na marginesie opisu dziejów jej silnego męża, cesarza Henryka III.