Toronto, posługujący wówczas (od 1936) jako prezydent Misji Czechosłowackiej, przekonany był, że misjonarze nie będą musieli opuszczać kraju... ponieważ jego zajęcie przez Hitlera przebiegło bardzo gładko. Wprowadził jednakże usprawnienia w codziennej pracy misyjnej. Zalecił zaprzestania dystrybucji traktatów i pamfletów, polecił ograniczyć nauczanie do zainteresowanych, z którymi kontakt nawiązano już wcześniej. Wzmocnił także wysiłki mające na celu wzmocnienie wiary miejscowych członków Kościoła. Starał się również stosować do regulacji prawnych wprowadzanych przez władze okupacyjne, w tym do ograniczeń wolności zgromadzeń. 3 czerwca 1939 Pierwsze Prezydium poleciło zamknięcie misji w związku z pogarszającą się sytuacją polityczną. Spotkało się to początkowo ze zdziwieniem Toronto, który sądził, że sytuacja na podległych mu terenach jest stabilna. Ostatecznie jednak misjonarze zostali ewakuowani (24 sierpnia 1939). 27 sierpnia 1939 Josef Roubíček, dwudziestojednoletni miejscowy posiadacz kapłaństwa, został wyświęcony jako pełniący obowiązki prezydenta misji. Toronto opuścił Czechosłowację kilka dni później, 31 sierpnia 1939.