Stanisław Lubomirski, komes na Wiśniczu, wojewoda i starosta generalny krakowski, zarządca miast spiskich, własnym sumptem wzniósł, uposażył, udoskonalił etc... kościół ten oraz kolegium kleryków regularnych ubogich Matki Bożej szkół pobożnych z ustanowieniem szczodrego zaopatrzenia dla promowania wzrostu chwały Bożej, krzewienia wiary katolickiej i wyplenienia herezji w tych stronachMarian Gotkiewicz: Trzy wieki Kolegium Podolinieckiego (1642–1942) [w:] „Nasza Przeszłość”, t. XV, 1962.
Klasztor ukończono w 1648 r. W późniejszych latach był wraz z pozostałymi obiektami zespołu klasztornego wielokrotnie niszczony przez wylewy Popradu (np. w latach 1662, 1682 i 1813) oraz pożary (np. w 1669 i 1684 r.), po czym troskliwie odbudowywany.
Po I rozbiorze Polski (1772) klasztor pijarów w Podolińcu podlegał polskiej prowincji tego zakonu jeszcze do roku 1782. Później został podporządkowany prowincji węgierskiej, co prawdopodobnie uchroniło go przed zlikwidowaniem na fali kasat józefińskich. Po zakończeniu I wojny światowej pijarzy zostali zmuszeni do opuszczenia Podolińca, budynek klasztorny zajęło zaś wojsko czeskie, które przebywało w nim od jesieni 1918 do wiosny 1920 r. Po opuszczeniu przez wojsko podoliniecki zespół klasztorny przejęli redemptoryści.