Od momentu powstania Towarzystwo nawiązało współpracę z Pomorską Izbą Rolniczą.
Na czele Pomorskiego Towarzystwa Rolniczego stanął prezes Jan Donimirski, który był inicjatorem usamodzielnienia i zjednoczenia rozproszonego ruchu rolniczego.
Funkcjonowanie Pomorskiego Towarzystwa Rolniczego Organami Towarzystwa Rolniczego było walne zgromadzenia złożone z władztw Towarzystwa i delegatów kółek rolniczych. W skład władz Izby wchodzili: prezes, członkowie zarządu i członkowie rady. Działały komisje finansowo-budżetowa i rewizyjna.
Bieżącą działalnością Towarzystwa kierował dyrektor biura PTR wraz z personelem. W ramach biura PTR działały następujące wydziały: administracyjny; wytwórczości rolniczej; wytwórczości zwierzęcej; oświaty rolniczej; organizacji gospodarstw; ekonomiczny; inspektorat leśnictwa.