Auffenburg próbował wycofać się na południowy zachód, ale był zbyt wolny: jego siły zostały zdziesiątkowane, a tysiąc lub dwa zostało więtych do niewoli. Potyczka pod Wertingen była jednym z łatwiejszych francuskich zwycięstw.
Działania pod Wertingen przekonały Macka, że winien raczej przejść na lewy brzeg Dunaju, niż szukać ucieczki prosto na wschód prawym brzegiem rzeki. Tymczasem Ney, który zgodnie z rozkazami Berthiera miał następnego dnia przypuścić bezpośrednie natarcie na Ulm, wysłał 3. dywizję Mahlera do Günzburga, celem przechwycenia mostów. Kolumna marszowa tej dywizji napotkała w drodze jakiś oddział jegrów tyrolskich i ujęła 200 z nich, w tym dowodzącego, generała d'Apsré oraz dwa działa. Austriacy zorientowali się w sytuacji i wzmocnili siły w okolicach Günzburga trzema batalionami piechoty i 20 działami. Dywizja Malhera przypuściła kilka ataków, ale zostały one odparte. Mack dosłał gen. Gyulai'a z siedmioma batalionami piechoty i czternastoma szwadronami kawalerii z zadaniem naprawy zniszczonych w czasie walk mostów, ale tymczasem nadciągnął spóźniony 59. pułk piechoty francuskiej, który z marszu zaatakował i odrzucił Austriaków w tył. Po zażartej walce Francuzom udało się uchwycić przyczółek na prawym brzegu rzeki. Gdy starcie pod Günzburgiem jeszcze trwało, Ney posłał 2.