Po wielu latach, na początku XIX wieku, rozpoczęto budowę nowej świątyni pod tym samym wezwaniem. Według skopijskiego kupca Hadzi-Kosty budowniczowie i snycerze rozpoczęli pracę w 1809 roku, a po 10 latach oczekiwania na zgodę na budowę, którą musiał wyrazić sułtan, została uroczyście konsekrowana 1 maja 1835Јовчев Спасе. Соборен храм Рождество на Пресвета Богородица во Скопје, Скопје, 1997, s. 17. Według Wasila Kynczowa pozwolenie na budowę wydano w 1834 roku. Przy budowie świątyni i znajdującego się w niej ikonostasu pracowali rzemieślnicy i snycerze z DebaruЈовчев Спасе. Соборен храм Рождество на Пресвета Богородица во Скопје, Скопје, 1997, s. 18 W okresie od 1848 do 1857 r. przy cerkwi na prośbę mieszkańców Skopje otwarto szkołę z nauką w języku bułgarskim, którą prowadził Jordan Chadżikonstantinow-Dżinot. Zyskał on wielki szacunek i popularność wśród obywateli, a na dziedzińcu cerkwi organizował przedstawienia teatralne według własnych tekstów, w których występowali jego uczniowie.