Bożena Barbara Werner (ur. 1954) – polska pediatra i kardiolog, profesor dr hab. nauk medycznych, kierownik Kliniki Kardiologii Wieku Dziecięcego i Pediatrii Ogólnej Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego.
Życiorys Bożena Werner po ukończeniu studiów medycznych uzyskała specjalizację II stopnia w zakresie pediatrii, kardiologii i kardiologii dziecięcej. W 1992 roku uzyskała stopień doktora nauk medycznych na podstawie rozprawy Ocena czynności prawej komory serca u dzieci z ubytkiem w przegrodzie międzyprzedsionkowej przed i po zabiegu operacyjnym przy użyciu echokardiografii dopplerowskiej. W 2003 roku uzyskała stopień doktora habilitowanego nauk medycznych na podstawie oceny ogólnego dorobku naukowego i rozprawy habilitacyjnej pt. Ocena przydatności echokardiografii przezprzełykowej w diagnostyce wrodzonych wad serca i monitorowaniu zabiegów kardiologii interwencyjnej u dzieci. W 2005 roku została powołana na stanowisko profesora nadzwyczajnego WUM. W 2012 roku uzyskała tytuł profesora nauk medycznych.