W międzyczasie Jean-Michel Aulas starał się uporządkować finanse klubu, a następnie promować jego rozwój sportowy poprzez dywersyfikację źródeł dochodów. Pod jego kierownictwem Olympique Lyonnais stało się punktem odniesienia we francuskiej piłce nożnej w 2000 roku ze względu na jakość zarządzania, co sprawiło, że przeszło ze statusu MŚP do statusu notowanej na giełdzie spółki holdingowej i ochrzciło OL Groupe.
Jego krytycy zarzucają mu wizję „piłkarskiego biznesu”, w którym marka klubu jest przywiązana do działań niezwiązanych ze sportem; jego zwolennicy chwalą szczególnie pochlebny rekord, który ich zdaniem próbują bezskutecznie kopiować inni francuscy liderzy piłki nożnej.
16 maja 2007 r. Aulas został wybrany na szefa G14, związku zrzeszającego 18 najbardziej wpływowych europejskich klubów piłkarskich, kontrowersyjnego ze względu na sprzeciw wobec UEFA. W swoim pierwszym przemówieniu po wyborach powiedział, że chce rozszerzyć G14 o 40 największych klubów europejskich, jakiś czas później G14 się rozpadło.
W październiku 2007 roku został wybrany prezesem nowego stowarzyszenia FAP (Football Avenir Professionnel), którego celem jest obrona interesów niektórych klubów Ligue 1. Związek był mocno krytykowany za jego elitarny charakter przez inne kluby Ligue 1.