29 czerwca 1948 roku został mianowany administratorem parafii w Zabłociu, następnie był proboszczem nowej parafii.
Ujawnił swoją działalność w Armii Krajowej, ale pomimo tego był przez Urząd Bezpieczeństwa inwigilowany, zastraszany, oskarżany za wrogi stosunek do Polski Ludowej. Zgromadzone w latach 1945–1948 materiały: „(...) niezbicie świadczyły, że ksiądz Słonka jest zdecydowanym wrogiem, prowadzącym wrogą robotę”. 20 października 1950 roku został zatrzymany przez Powiatowy Urząd Bezpieczeństwa Publicznego, jednak nie przyznał się do stawianych zarzutów. Osadzony został najpierw w więzieniu śledczym w Żywcu, a od 2 grudnia 1950 roku w Krakowie, przy placu Inwalidów. Po 4 miesiącach został uniewinniony i uwolniony (według UB został zwolniony z więzienia 24 lutego 1951 roku, natomiast według relacji ks. Słonki, 28 lutego 1951 roku). Nadal jednak był obserwowany. W tym czasie wciąż nadzorował budowę i wyposażanie nowego kościoła.
W 1965 roku otrzymał godność szambelana papieskiego (prałata).
Współpracował z Wydawnictwem Duszpastersko-Charytatywnym dla dekanatu Żywiec-Południe i Północ, od 1968 roku był wicedziekanem, a od roku 1970 dziekanem dekanatu Żywiec Południe.