12 lutego po ponad miesięcznej regularnej rzezi, car zebrał resztki mieszkańców miasta i oznajmił im, że zostali objęci aktem łaski. Masakra zakończyła się tak szybko, jak się zaczęła, a winą za nią obarczony został . Majątki cerkiewne, kupieckie i bojarskie w Nowogrodzie zostały konfiskowaneГенрих Штаден. О Москве Ивана Грозного, 1925, s. 90—91. 15Российская академия наук. Институт русской литературы (Пушкинский Дом). Повесть о разгроме Новгорода Иваном Грозным . Car i jego ludzie opuścili miasto tego samego dnia, zabierając ze sobą łupy oraz „wrogów i zdrajców” – w tym wspomnianego arcybiskupa nowogrodzkiego . Metropolita za rzekomą zdradę na rzecz Zygmunta Augusta został za karę wysłany do odległego klasztoru, w którym tuż po przybyciu zmarł.
Ostatni akord zbrodni na nowogrodzianach rozegrał się w Moskwie 25 lipca 1570 roku Car zarządził publiczne egzekucje uprowadzonych zimą mieszkańców Nowogrodu, dokładając do tej grupy pokaźną liczbę nowych przeciwników.