W 1992 awansowany do rangi generała pułkownika.

Wojna w Chorwacji 18 lutego 1994 Markač został mianowany komendantem Policji Specjalnej przy Ministerstwie Spraw Wewnętrznych Republiki Chorwacji. Według aktu oskarżenia jako komendant miał kontrolę nad wszystkimi członkami policji specjalnej biorących udział w operacji Burza oraz związanej z nią działaniami w regionie, a także posiadał możliwości zapobiegania przestępstwom popełnianym przez osoby znajdujące się pod jego zwierzchnictwem, jak również proponowania i stosowania środków dyscyplinarnych wobec żołnierzy chorwackich podlegających pod jego dowództwo.

Proces W 2004 dobrowolnie poddał się i został przeniesiony do siedziby trybunału w Hadze, gdzie w marcu 2008 rozpoczął się wspólny proces jego oraz Ante Gotoviny i Ivana Čermaka (proces Gotovina i in. (IT-06-90) „Operacja Burza”). 15 kwietnia 2011 został skazany na 18 lat więzienia za zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko ludzkości popełnione na ludności serbskiej oraz serbskim oddziałom rebelianckim. W akcie oskarżenia sformułowano zarzut utworzenia wspólnego przedsięwzięcia przestępczego, którego celem było trwałe wysiedlenie ludności serbskiej poprzez popełnienie przestępstw (grabieży, nieludzkiego traktowania, morderstw, prześladowania) oraz zapobieganie ich powrotowi.