31.
Na początku września 1939 został zmobilizowany do Szefostwa Komunikacji Naczelnego Wodza. 22 września 1939 we wsi Werba dostał się do sowieckiej niewoli. Początkowo przebywał w Obozie NKWD w Putywlu, a następnie w obozie w Kozielsku. Między 15 a 17 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego. Między 16 a 19 kwietnia 1940 zamordowany w Katyniu i tam pogrzebany. Od 28 lipca 2000 spoczywa na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu. mały|Grób symboliczny Leona Zubrzyckiego na Cmentarzu Komunalnym Północnym w Warszawie 5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień pułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007, w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Jego symboliczny grób znajduje się na Cmentarzu Komunalnym Północnym w Warszawie Wyszukiwarka cmentarna – Warszawskie cmentarze.