W latach 1958–1961 wybudowano pawilon wystawienniczo-administracyjny (tak zwany nowy gmach). Muzeum powstało 1 stycznia 1959 roku. Jego działalność obejmowało Polskę Północną. Liczba zbiorów na początku 1959 roku wynosiła 5165 obiektów. Uroczysta inauguracja prac Muzeum Etnograficznego nastąpiła 17 kwietnia 1959 roku.
W 1960 roku w Arsenale została otwarta stała wystawa pt. Kultura materialna Północnej Polski. W 1961 roku Muzeum pozyskało schron. Był on użytkowany do 1972 roku, kiedy to zapadła decyzja o jego rozbiórce. W latach 1961–1964 przeprowadzono remont i adaptację XIX-wiecznego budynku pofortecznego, w którym umieszczono pracownie konserwatorskie i stolarskie. W 1961 roku oddano do użytku pawilon wystawienniczy. Pierwsza stała wystawa w niej była poświęcona tradycyjnemu rybołówstwu ludowemu w Polsce.